Fin 2012, le fonds Abbé Manoël de la Serna (Fondation Roi Baudouin) a accordé son généreux  soutien à un ambitieux programme de restauration qui est entièrement opérationnel depuis mai 2013.

Parmi les pièces concernées figure la restauration de la collection Ville de Bruxelles et de l’atlas de Jacob van Deventer (ca 1500-1575) ainsi que la décontamination de plusieurs centaines de bois conservés à l’atelier de la Chalcographie. Parmi ces derniers, certains remontent jusqu’au XVI^e siècle et sont quelquefois victimes d’insectes phytophages et de leurs larves, et doivent être traités pour assurer leur préservation.

La collection Ville de Bruxelles comprend les livres de l’ancienne Bibliothèque royale fondée par Philippe II, ainsi que les livres provenant des couvents et abbayes de l’ancien duché de Brabant, supprimés par les Français à la Révolution. Leur état de conservation est parfois critique, en fonction des conditions de conservation appliquées dans ces institutions religieuses il y a plus de deux siècles.

L’atlas, quant à lui, se compose de 74 plans de villes des anciens Pays-Bas commandés par Philippe II, coloriés à l’aquarelle, mais montés sur carton acide. Ces plans sont de la plus haute importance au point de vue scientifique, géographique, cartographique et de l’histoire des villes. Le programme de restauration a pour but de désolidariser les plans de leur carton acide afin d’améliorer leur conservation et de découvrir d’éventuelles inscriptions portées sur leur verso.