Eind 2012 verleende het Fonds Pastoor Manoël de la Serna (Koning Boudewijnstichting) zijn milde steun aan een ambitieus restauratieprogramma dat sinds mei 2013 volledig operationeel is geworden.

Tot de stukken die worden gerestaureerd, behoren de collectie ‘Stad Brussel’ en de atlas van Jacob van Deventer (ca. 1500-1575). Het programma voorziet ook in het ontsmetten van vele honderden houtsneden die de Chalcografie bewaart.
Sommige van die houtsneden dateren van de 16^de eeuw en zijn soms het slachtoffer van plantenetende insecten en hun larven, en moeten bijgevolg onder handen worden genomen om hun voortbestaan te verzekeren.

De collectie ‘Stad Brussel’ bevat boeken van de oude koninklijke bibliotheek die Filips II stichtte, naast boeken afkomstig van kloosters en abdijen in het oude hertogdom Brabant die de Fransen tijdens de Revolutie hebben opgeheven. Sommige boeken verkeren in een kritische staat van bewaring, afhankelijk van de bewaaromstandigheden die meer dan twee eeuwen geleden in die religieuze instellingen van toepassing waren.

De atlas van zijn kant telt 74 stadsplattegronden van de oude Nederlanden die in opdracht van Filips II werden gemaakt; ze zijn gekleurd met aquarel maar bevestigd op zuurhoudend karton. Die plattegronden zijn uiterst belangrijk in wetenschappelijk, geografisch en cartografisch opzicht en in het licht van de geschiedenis van de betrokken steden. Het restauratieprogramma heeft tot doel de plattegronden te scheiden van hun zuurhoudend karton teneinde hun bewaring te verbeteren en eventuele opschriften op hun keerzijde te ontdekken.