Près de 35.000 manuscrits dont 4.500 codices médiévaux sont conservés au Cabinet des manuscrits. Le fonds général est divisé en quatre séries.

La première série contient notamment les manuscrits des ducs de Bourgogne, des manuscrits des couvents supprimés au XVIIIe siècle, le fonds des Bollandistes et les manuscrits de la collection Charles Van Hulthem.
La série II comprend les acquisitions faites entre 1870 et 1952 (entre autres, les manuscrits acquis en Angleterre entre 1888 et 1900, lors de la dispersion de la collection Phillipps).
La série III comprend les manuscrits modernes (XVI^e - XX^e siècle), acquis depuis 1952, notamment les documents littéraires, historiques et artistiques. Certaines archives littéraires contemporaines de Belgique sont déposées aux "Archives et musée de la littérature".
La série IV est réservée aux manuscrits médiévaux et documents précieux acquis depuis la même époque.

Le Cabinet des Manuscrits conserve, d'autre part, deux fonds spéciaux, le fonds Goethals (manuscrits et imprimés relatifs à la généalogie, l'héraldique et l'histoire des anciens Pays-Bas) et le fonds Merghelynck (généalogie et histoire de la Flandre occidentale), cotés et catalogués séparément.