In het Handschriftenkabinet worden ongeveer 35.000 handschriften - waaronder 4.500 middeleeuwse codices - bewaard. Het algemeen fonds is in vier reeksen onderverdeeld.

De eerste reeks omvat met name de handschriften van de hertogen van Bourgondië, codices uit kloosters die in de achttiende eeuw werden opgeheven, de verzameling van de Bollandisten en de handschriften uit de collectie Charles Van Hulthem.
In reeks II vinden we de aanwinsten tussen 1870 en 1952 (onder andere de handschriften die tussen 1888 en 1900 in Engeland bij de verspreiding van de verzameling Phillipps werden verworven) terug.
Reeks III bevat de sinds 1952 verworven moderne handschriften (16de - 18de eeuw). Het gaat hier voornamelijk om literaire, historische en artistieke documenten. Sommige hedendaagse literaire Franstalige archieven van België werden in de "Archives et musée de la littérature" gedeponeerd.
Reeks IV is voorbehouden voor de sinds 1952 verworven middeleeuwse handschriften en kostbare documenten.

Daarnaast bewaart het Handschriftenkabinet twee bijzondere fondsen: het fonds Goethals (handschriften en gedrukte werken met betrekking tot de genealogie, de heraldiek en de geschiedenis van de voormalige Nederlanden) en het fonds Merghelynck (genealogie en heraldiek van West-Vlaanderen). Beide fondsen kregen een aparte signatuur en werden afzonderlijk gecatalogiseerd.
.