Le noyau initial de la collection de manuscrits conservée actuellement à la Bibliothèque royale de Belgique est formé par une partie importante de l'ancienne Librairie des ducs de Bourgogne, bibliothèque considérée, à juste titre, depuis l'époque médiévale comme l'une des plus prestigieuses du monde occidental.
Commencée sous Philippe le Hardi puis transmise à ses héritiers, Jean sans Peur et Philippe le Bon, elle comptait en 1477 à la mort de Charles le Téméraire, pas moins de 950 volumes. Près de 270 de ces ouvrages sont encore conservés actuellement au Cabinet des Manuscrits. La Librairie de Bourgogne passa ensuite, par voie d'héritage, à Marie de Bourgogne, à Charles Quint, puis à Philippe II. Celui-ci créa le 12 avril 1559 la Bibliothèque royale des Pays-Bas, ancêtre direct de l'actuelle Bibliothèque royale de Belgique.
La suppression en 1773 de l'ordre des jésuites permit un accroissement notable des collections. Des dizaines de manuscrits rassemblés par la Compagnie dans nos provinces entrèrent dans les collections de la nouvelle bibliothèque.
La période de calme et d'expansion fut néanmoins de courte durée. En septembre 1794, les commissaires de la République française enlevèrent une grande partie des manuscrits "bourguignons" pour les transférer à Paris. Il faudra attendre 1816 et le Congrès de Vienne pour que ces manuscrits confisqués par la France retournent à Bruxelles. Certains ouvrages toutefois demeurèrent à Paris, d'autres -qui à l'origine ne faisaient pas partie de la Bibliothèque de Bourgogne- prirent par contre le chemin inverse.
Les années suivantes furent moins tourmentées.
D'achats en donations, le Cabinet des Manuscrits vit s'accroître ses collections. En 1837, l'Etat belge acquit la bibliothèque de Charles Van Hulthem comptant quelque 1100 manuscrits dont certains essentiels pour l'étude de la littérature médiévale néerlandaise. De 1839 à 1953, le Cabinet des Manuscrits put acquérir environ 11.000 volumes: des ouvrages médiévaux, mais aussi des documents d'archives des XVI^e, XVII^e et XVIII^e siècles et bon nombre de textes et d'autographes d'écrivains et d'artistes belges. Depuis les années soixante, les acquisitions se poursuivent régulièrement chaque année, que ce soit dans les domaines littéraire ou historique.