Le fonds général est divisé en quatre séries. Outre le fonds général, le Cabinet des Manuscrits conserve égalemet quelques fonds spéciaux, provenant, entre autres, de donations.
La première série
Elle contient tous les manuscrits acquis avant 1870, à savoir :
- les manuscrits des ducs de Bourgogne,
- des manuscrits des couvents supprimés au XVIIIe siècle,
- le fonds des Bollandistes,
- les manuscrits de la collection Charles Van Hulthem.
La série II
Comprend les acquisitions faites entre 1870 et 1952 (entre autres, les manuscrits acquis en Angleterre entre 1888 et 1900, lors de la dispersion de la collection Phillipps).
La série III
Comprend les manuscrits modernes (XVIe – XXe siècle), acquis depuis 1952, notamment les documents littéraires, historiques et artistiques. Certaines archives littéraires contemporaines – de langue française – de Belgique sont déposées aux Archives et Musée de la Littérature.
La série IV
Réservée aux manuscrits médiévaux et orientaux acquis depuis 1952 et aux documents précieux.