Het algemeen fonds is ingedeeld in 4 reeksen. Naast het algemeen fonds bewaart het Handschriftenkabinet ook enkele bijzondere fondsen, onder meer uit schenkingen.
Reeks I
Alle handschriften verworven vóór 1870. Hiertoe behoren met name:
- De handschriften van de hertogen van Bourgondië
- De codices uit kloosters die in de 18de eeuw werden opgeheven
- De verzameling van de bollandisten
- De handschriften uit de collectie Karel Van Hulthem
Reeks II
De aanwinsten tussen 1870 en 1952. Hierbij zitten bijvoorbeeld de handschriften die tussen 1888 en 1900 in Engeland werden verworven bij de verkoop van de verzameling Phillipps.
Reeks III
De moderne handschriften (16de – 18de eeuw) die de Bibliotheek sinds 1952 verwierf. Het gaat hier voornamelijk om literaire, historische en artistieke documenten. Sommige hedendaagse literaire Franstalige archieven van België werden in bewaring gegeven bij de vzw Archives et Musée de la Littérature.
Reeks IV
De middeleeuwse en oosterse handschriften die sinds 1952 verworven werden, plus kostbare documenten.